О. Большой Бегичев расположен у выхода из Хатангского залива. Известен русским с начала XVII в., но уже в XVIII в. о нем забыли.

В апреле 1908 г. Н. А. Бегичев, проверяя сведения местных жителей об о. Сизой на севере Хатангского залива, установил, что показываемый на имевшейся у него карте полуостров к северу от залива Нордвик в действительности является островом. Бегичев не только заснял его компасной съемкой, измеряя расстояния шагомером, но и составил карту открытого острова. Ее он передал в 1909 г. начальнику Главного гидрографическогo управления А. И. Вилькицкому. Карта о. Бегичева не сохранилась, но о съемке Бегичева можно судить по изображению о. Бегичева на карте «От устья Лены до реки Таймыра» составленной в 1912 г. (Эвальд, 1917, стр. 66, # 643).

Настоящее название острову дано в 1908 г. ИРГО по предложению академика Ф. Н. Чернышева. О. Малый Бегичев находится недалеко от западного берега о. Большой Бегичев. Впервые обнаружен Х. П. Лаптевым в 1739 году, назвавшим его островом Святого Николая. Вторично открыт Бегичевым. Назван по ассоциации с о. Большой Бегичев в 1933 г. гидрографической экспедицией на шхуне «Пионер».

Вильницкий Б. А. Плавание гидрографической экспедиции Северного Ледовитого океана в 1913 г.